Thuế khoán và thuế kê khai đối với Nhà thuốc/quầy thuốc/phòng khám khác nhau thế nào?

Ngày 06/10/2025, Bộ Tài chính ban hành Quyết định 3389/QĐ-BTC, chính thức phê duyệt Đề án xóa bỏ thuế khoán trên toàn quốc. Theo đó, từ ngày 01/01/2026, mọi hộ kinh doanh, bao gồm cả phòng khám tư nhân, buộc phải chuyển sang phương pháp kê khai thuế  thay cho thuế khoán.

Sự thay đổi này đòi hỏi phòng khám phải chuẩn hóa quy trình kế toán, hóa đơn, sổ sách và kê khai thuế định kỳ một cách bài bản, minh bạch và đúng pháp luật.

1. Phương pháp kê khai thuế từ năm 2026 áp dụng cho Phòng khám (Hộ kinh doanh)

Theo Đề án tại Quyết định 3389/QĐ-BTC, hộ kinh doanh được phân loại thành 3 nhóm theo doanh thu để áp dụng thuế GTGT và thuế TNCN như sau:

Bảng phân loại thuế GTGT – TNCN áp dụng cho phòng khám từ 2026

Từ năm 2026, mọi phòng khám tư nhân sẽ phải kê khai thuế theo quý, không còn nộp thuế khoán cố định.

2. Hướng dẫn phòng khám chuyển đổi từ Thuế khoán sang Thuế kê khai

Theo Thông tư 40/2021/TT-BTC, hộ kinh doanh trước đây có thể lựa chọn thuế khoán hoặc thuế kê khai. Khi thuế khoán bị bãi bỏ, toàn bộ hộ kinh doanh phải chuyển sang kê khai theo lộ trình sau.

Bước 1: Thực hiện thủ tục hành chính – Báo cáo với cơ quan Thuế

1. Thông báo chuyển đổi

Phòng khám cần thông báo cho Chi cục Thuế về việc chuyển từ phương pháp khoán sang kê khai.

2. Hồ sơ cần nộp

• Mẫu 08-MST: Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế.

3. Thời hạn nộp hồ sơ

Theo điểm b khoản 3 Điều 13 Thông tư 40/2021/TT-BTC:

“Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của hộ khoán chuyển đổi sang kê khai chậm nhất là ngày thứ 10 kể từ ngày chuyển đổi phương pháp tính thuế.”

4. Nơi nộp hồ sơ

• Nộp trực tuyến qua thuedientu.gdt.gov.vn
• Hoặc nộp tại bộ phận Một cửa của Chi cục Thuế quản lý

Bước 2: Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử

Phòng khám phải đăng ký hóa đơn điện tử theo quy định.

1. Hồ sơ đăng ký

• Mẫu 01/ĐKTĐ-HĐĐT

Sau khi nộp, cơ quan thuế sẽ cấp mã sử dụng hóa đơn điện tử.

Bước 3: Thiết lập hệ thống sổ sách kế toán

Theo Thông tư 88/2021/TT-BTC, hộ kinh doanh bắt buộc sử dụng 7 loại sổ sau:

1. Sổ chi tiết doanh thu
2. Sổ chi tiết vật liệu, dụng cụ, sản phẩm, hàng hóa
3. Sổ chi phí sản xuất, kinh doanh
4. Sổ theo dõi nghĩa vụ thuế với ngân sách nhà nước
5. Sổ theo dõi thanh toán tiền lương và các khoản theo lương
6. Sổ quỹ tiền mặt
7. Sổ tiền gửi ngân hàng

Đây là thay đổi lớn, vì trước đây phần lớn phòng khám không duy trì đầy đủ hệ thống sổ sách.

Bước 4: Kê khai và nộp thuế theo quý

1. Tờ khai phải nộp

• Mẫu 01/CNKD
• Phụ lục 01-2/BK-HĐKD (bảng kê hàng hóa, dịch vụ bán ra)

2. Thời hạn nộp

• Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu quý tiếp theo

3. Nơi nộp tiền thuế

• Kho bạc Nhà nước
• Cơ quan thuế quản lý
• Ngân hàng thương mại
• Tổ chức được ủy nhiệm thu

3. Ý nghĩa của việc chuyển từ Thuế khoán sang Thuế kê khai

Việc bỏ thuế khoán là xu hướng tất yếu nhằm minh bạch hóa hoạt động kinh doanh.

Ngắn hạn

• Phòng khám có thể gặp khó khăn trong việc làm sổ sách
• Chi phí vận hành tăng (kế toán, hóa đơn điện tử, chuẩn hóa đầu vào)

Dài hạn

• Hồ sơ tài chính rõ ràng, dễ dàng vay vốn ngân hàng
• Tăng uy tín khi làm việc với bảo hiểm
• Giảm rủi ro bị ấn định thuế
• Hoạt động bài bản và chuyên nghiệp hơn

Đây là giai đoạn chuyển đổi quan trọng, đòi hỏi phòng khám chuẩn bị sớm để không gặp vướng mắc khi chính sách có hiệu lực.

4. Căn cứ pháp lý

• Luật Thuế thu nhập cá nhân 2007
• Luật Thuế giá trị gia tăng 2024
• Thông tư 40/2021/TT-BTC
• Thông tư 88/2021/TT-BTC
• Quyết định 3389/QĐ-BTC ngày 06/10/2025

Xem thêm: Lộ trình chuyển đổi từ Thuế khoán sang Kê khai thuế đối với Phòng khám tư nhân (Hộ kinh doanh) từ năm 2026

5. Liên hệ Dược Vương - DV Medking để hiểu rõ hơn về lộ trình

Dược Vương - DV Medking: Hàng chính hãng - Giá tốt nhất thị trường, tốt hơn mọi giá tốt

NHANH CHÓNG – AN TOÀN – HIỆU QUẢ - ĐỒNG HÀNH VÀ CHỊU MỌI RỦI RO.

Trụ sở chính: Số 2 ngõ 6, đường Vũ Trọng Phụng, Phường Thanh Xuân Trung, Quận Thanh Xuân, Hà Nội

Hotline Miền Bắc: 0878 929 789

Hotline Miền Nam: 0822 662 024

Website: giathuoctot.com